生物肥料修復(fù)土壤的基本原理是在適當(dāng)?shù)臈l件（水分、溫度、pH值等）下，肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優(yōu)勢(shì)菌群，促進(jìn)土壤生態(tài)系統(tǒng)中碳、氮、氧等元素的良性循環(huán)，從而修復(fù)土壤生態(tài)環(huán)境系統(tǒng)，使生態(tài)系統(tǒng)達(dá)到新的穩(wěn)定的平衡。其中，生物肥料對(duì)無(wú)機(jī)污染物的修復(fù)機(jī)理是微生物肥料進(jìn)入土壤生態(tài)系統(tǒng)后，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過(guò)自身的生物反應(yīng)，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害；同時(shí)肥料中的微生物菌可以將重金屬固定，促使土壤中活性重金屬變?yōu)橛袡C(jī)結(jié)合態(tài)，形成過(guò)濾層和隔離層，降低作物對(duì)土壤中重金屬的吸收，從而避免了土壤中重金屬等有害物質(zhì)或其分解產(chǎn)物通過(guò) “土壤植物人體”，或通過(guò) “土壤水人體”間接被人體吸收，損害身體健康。